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In the "hidden treasures" section:

Karajan Institut - Landesgericht - Bürgerspital St. Blasius - Alte Universität - Old Botanical Gardens - New Botanical Gardens - Anton-Neumayr-Platz - Domgrabungsmuseum - Hofapotheke - Galerie Thaddaeus Ropac - Hagenauerplatz - Joseph Mohr Birthplace - Kaigasse / Kaiviertel - Schloss Lasserhof - Makartplatz / Dreifaltigkeitsgasse - Makartsteg Bridge - Johannesschlössl (Pallottinerschlössl) - Petersbrunnhof / Schauspielhof - Platzl - Schloss Emsburg - Schloss Emslieb - Staatsbrücke - Schloss Aigen - Landeskrankenhaus Salzburg - Krankenhauskirche St. Johannes - Leprosenhaus - Steintheater Hellbrunn - Schloss Mönchstein

In the "Museums & Art Galleries" section:

Museum of Historic Musical Instruments
Galerie Thaddaeus Ropac (commercial, no museum in strict sense)
Domgrabungsmuseum of Archaeological Excavations
Festungsmuseum (Fortress Museum)

In the "surroundings" section:

Schafbergbahn Cog Railway in the Salzkammergut